由“国家组织CIRS”新设的特殊技能训练校“美滨学园”…… 因各种原因失去归所的少女们被交付的是，枪与实弹。 使用手枪的玲奈、擅长狙击的桐花、炸弹与信息处理的克莉丝、负责谍报活动的忍者邑沙季。

　　初中的毕业典礼上，爱城恋太郎进行了人生的第100次告白， 　　但和先前的99次一样，都被拒绝了。 　　恋太郎在男女间的评价一直都很好，但总是无法被女孩当作恋爱对象。 　　这天，恋太郎来到了祈求缘分的神社， 　　在他虔诚膜拜时，神出现了。 　　神告诉恋太郎，在升上高中后恋太郎将会遇到命运之人，并且总共有100人……。 　　DEAD·OR·LOVE的学园新生活开幕！！

为碧蓝的航线献上祝福——「碧蓝航线」的少女们，击退了从世界之外而来的神秘敌人「塞壬」的大攻势。但，战争不管到了何时，都不会有变化。正如当初人类争夺海上霸权一般，「碧蓝航线」与「赤色中轴」因理...